Područje Nacionalnog parka ‘Krka’ bogato je podzemnim špiljama i jamama, a duž kanjonskog dijela obale rijeke Krke na području slapa Miljacka nalazi se špiljski sustav Miljacka I-V, te čak pet špilja – Miljacka II, Miljacka III (Špilja pod slapom), Miljacka IV (Špilja kod mlina na Miljacki), Miljacka VI i Miljacka VII.
Špilja Miljacka II pripada vrijednom dijelu hrvatske geobaštine, a ulaz u nju se nalazi u samom kanjonu na nadmorskoj visini od 115 m. Formiran je u prominskim naslagama, a periodički je jaki izvor. Za visokoga vodostaja špiljom teče podzemna rijeka. Krase je kalcitni stalagmiti i stalaktiti izuzetne ljepote. U ulaznom dijelu špilje mogu se vidjeti i crne rahle nakupine guana, šišmiševa izmeta, a na stropu iznad nakupina sjajna crna kora, vjerojatno fosfatni minerali nastali reakcijom šišmiševe mokraće s vapnencem.
– Ta špilja je velik izazov za speleološka i speleoronilačka istraživanja, najduži je topografski snimljen speleološki objekt na području Parka, a ima karakterističnu ulaznu dvoranu velikih dimenzija. Istražen je u duljini od 3.365 m, ali se iz geoloških i geomorfoloških karakteristika terena da zaključiti da se glavni špiljski kanal nastavlja u istome smjeru pa postoji mogućnost da špilja bude dulja od pet kilometara. Radi se o teško prohodnome speleološkom objektu, kojemu maksimalna dubina špilje iznosi 29 metara, a maksimalna vertikalna razlika 50 metara. Glavni, ujedno i najdulji, kanal generalno se pruža u smjeru SZ-JI. Pored suhih kanala, špilju karakteriziraju povremeni sifon, veliko jezero i šest jezerskih sifona- kazali su iz Nacionalnog parka ‘Krka’.
U Miljacki II obitava čak 54 vrste beskralježnjaka, koje spadaju u čak osamnaest viših sistematskih kategorija. Među njima je znatan broj endemskih svojti Dinarida i Hrvatske. Za strigu špiljsku velekamenjarku Eupolybothrus cavernicolus, koja je stenoendem, Nacionalnog parka ‘Krka’ je tipski lokalitet. Špilju naseljava i čovječja ribica Proteus anguinus, endemski vodozemac Dinarida.
Također, u njoj je dosadašnjim istraživanjima zabilježeno devet vrsta šišmiša i uvrštena je na popis Međunarodno važnih podzemnih skloništa za šišmiše (UNEP/EUROBATS)
Na temelju topografskog nacrta i prikupljenih speleomorfoloških podataka, špilja Miljacka II prema morfološkom tipu kategorizira se kao etažni i razgranati speleološki objekt. Prema genetskom tipu, spada u tektonsko-erozijske speleološke objekte. Prema hidrološkim karakteristikama, Miljacka II objekt je sa stalnim vodenim tokom, u kojemu količina vode ovisi o hidrološkim prilikama na širem području.
