Dvojaka klima utvrđena je na području Nacionalnog parka ‘Krka’ prema Koppenovoj klasifikaciji klime. Riječ je o umjereno toploj sredozemnoj kišnoj klimi sa sušnim i vrućim ljetnim razdobljem. Područje Nacionalnog parka ‘Krka’ tako spada u najsunčanija područja u Hrvatskoj, pokazuju podaci s klimatoloških postaja u Šibeniku i Kninu.
Osim u najsunčanije, područje Nacionalnog parka ‘Krka’ spada i u najvedrije dijelove Hrvatske. Jesen je manje sunčana od proljeća, a najmanje je sunca u prosincu i siječnju, kada su dani najkraći i kada je najviše oblaka. Uz dolinu rijeke Krke prevladavaju vjetrovi hladnog polugodišta: sjeveroistočnjak – bura i jugoistočnjak – jugo. Bura je izražena na cijelom području, a jugo samo na donjem toku rijeke Krke. Ljeti, za vedra vremena, razvija se blagi danji vjetar, maestral, koji puše iz smjera zapada ili jugozapada.
Tmurno i oborinsko vrijeme zimi izmjenjuje se s lijepim i sunčanim ljeti. Srednja godišnja temperatura zraka u Kninu iznosi 13 °C, dva stupnja manje od one u Šibeniku, koja, zbog utjecaja mora, iznosi 15 °C. Srednja temperatura zraka u siječnju, najhladnijem mjesecu u godini, u Šibeniku iznosi oko 7 °C, a u Kninu oko 5 °C, dok je u najtoplijem mjesecu, srpnju, njezina vrijednost u Šibeniku 25 °C, a u Kninu 23 °C. Zbog utjecaja mora, koje se sporo hladi, jesen je toplija od proljeća. Mala je vjerojatnost vrlo niskih temperatura. Blizina mora i okruženje planina utječu na količinu oborina. Najviše je oborina tijekom jeseni i zime. Od listopada do prosinca padne trećina ukupne godišnje količine oborina pa je u to vrijeme rijeka najbogatija vodom. Najmanje oborina ima ljeti, pogotovo u srpnju. Snijeg je na ovom području vrlo rijetka pojava, osobito uz more.
