Ideja o gradnji katedrale u Šibeniku nastala je davne 1298. godine kada je Šibenik dobio vlastitu biskupiju i naslov grada. Odluka o gradnji i početku pripremnih radova donesena je 1402. godine, a gradnja je započela na današnji dan 1431. godine kada je postavljen kamen temeljac.
Projektirao ju je Francesco di Giacomo iz Venecije, a gradnju započeo mletački majstor Lorenzo Pincino. Tada nitko nije mislio da će gradnja šibenske katedrale potrajati do 1536. godine!
Posao je kasnije povjeren Jurju Dalmatincu koji je promijenio prvobitnu koncepciju crkve. Izveo je novo tropasidalno svetište koje uključuje krstionicu ugrađenu u temeljima južne apside, te uz nju prislonjenu sakristiju s riznicom na katu. Istovremeno se dovršavaju ranije započeti uzdužni zidovi crkve do visine vijenca visećih lukova, dok se u interijeru, po novom projektu majstora Jurja zajedno sa presvođenim kapelama bočnih brodova do iste visine podižu arkade glavnog broda.
U trenutku prekida radova 1455. godine izgrađene su visoke substrukcije poligonalnog svetišta do razine vijenca s glavama, odnosno do razine poda prezbiterija u interijeru. Početnu fazu izgradnje katedrale obilježava prostorno-funkcionalna adaptacija te modernizacija ranijeg projekta, te niz inventivnih, rješenja primijenjenih u gradnji svetišta poput montažne tehnike gradnje velikim kamenim blokovima, te vijenac individualiziranih glava prirodne veličine.
U završnom razdoblju rada na katedrali Juraj Dalmatinac na sjevernom zidu kapele svetišta, pod arhivoltom s grbom kneza S. Malipiera postavlja reljef svetog Jerolima pustinji.
Juraj Dalmatinac umire 10. listopada 1473. godine, a dovršetak katedrale preuzima Nikola Firentinac koji izdiže bačvaste svodove i velebnu kupolu na 38 metara visine.
U Rujanskom ratu 1991. godine tri granate probile su kupolu, a sanacija je trajala od 23. kolovoza 1996. do 14. ožujka 1997. godine. Katedrala svetog Jakova mnogo je puta restaurirana, a jedinstveni hram umjetnosti u konačnici je 2000. godine uvršten u svjetsku baštinu UNESCO-a.
