Dalmatinski sabor donio je na današnji dan, 15. srpnja 1880. godine odluku o gradnji nove, velike bolnice s ludnicom u Šibeniku. Gradnja je počela 16. kolovoza 1881., a svečano je otvorena 24. lipnja 1883. Pokrajinska bolnica Šibenik prostirala se na 48000 m 2 imala je devet paviljona, a u nju je prešlo osoblje iz prve bolnice predvođeno ravnateljem doktorom Eugenom Galvanijem. Nakon 141 godinu Bolnica je još na istom mjestu.
Inače, povijest šibenskog zdravstva počinje s prvim poznatim lazaretom, sagrađenim 1403., izvan gradskih zidina, na mjestu gdje se sad nalazi Biskupski ordinarijat. Bio je utočište za gubavce, a kad nije bilo bolesnika, u njemu je živjela muška sirotinja. Godinu dana poslije unutar gradskih zidina otvoren je Hospicij sv. Marije i sv. Lazara (blizu današnjeg Kazališta). Iz tog vremena je i prvi prikaz liječnika na tlu Hrvatske, koji se nalazi u dubini gotičkog prozora na sjevernom zidu crkve sv. Barbare u Šibeniku. U prozoru je prikazan kip Madone, uz koji je u reljefu prikazan čovjek koji kleči, odjeven u haljetak, koji seže do koljena, i plašt, prebačen preko ramena, iz čijih usta izlazi natpis: ‘Ja, Marko, liječnik iz Šibenika, dao sam godine 1419. načiniti ovo djelo radi uspomene i za odriješenje od mojih grijeha.’
Naredbom francuskih okupacijskih vlasti od 27. veljače 1807. ukinut je hospicij sv. Marije i sv. Lazara i naređena gradnja moderne bolnice van gradskih zidina. Bolnica je pod imenom Gradska bolnica Šibenik, počela s radom u studenome 1807. U prizemnici s dvorištem, površine 337 m 2 pored ambulante, kuhinje i zahoda, nalazile su smještene i dvije bolesničke sobe (muška i ženska), svaka s po osam kreveta. Bolnica je imala sedam zaposlenih (liječnika, kirurga, nadbolničara, dva bolničara i dvije sluškinje). Liječnik dr. Ivan Krstitelj Visiani bio je i prvi ravnatelj Bolnice. Dvije godine poslije Bolnici je pripojeno gradsko nahodište, koje je vodilo brigu o neželjenoj djeci. Zahvaljujuće donaciji od 2600 forinta koju joj je dao veliki Šibenčanin Robert Visiani, botaničar svjetskog glasa, Bolnica je 1863. renovirana i dozidan joj je prvi kat.
Šibenska bolnica, koja je od 1883. do 1951., po broju kreveta, bila najveća dalmatinska bolnica, dala je veliki doprinos hrvatskom i dalmatinskim zdravstvu. Može se pohvaliti da je, između ostaloga, od 1883. prva psihijatrijska bolnica u Dalmaciji, i druga u Hrvatskoj, prva dalmatinska bolnica u kojoj je primjenjena lumbalna anestezija 1905. godine, prva dalmatinska bolnica koja od 1906. godine ima rendgentski uređaj te prva dalmatinska bolnica u kojoj je 1911. godine obavljena službena podjela na odjele.
Šibenska je bolnica i prvi dalmatinska bolnica koja ima samostalni očni odjel od 1921., u njoj je obavljena prva operacija na srcu u Hrvatskoj i ovom dijelu Europe 29. siječnja 1939. te prva ugradnja umjetne očne leće u Dalmaciji 1987. godine.
U šibenskoj bolnici je 1995. godine operativno izvađen iz pacijentice Racetin, tumor od 51 kilogram, najveći u Hrvatskoj i jedan od sedam najvećih na svijetu.
Za svoj rad Bolnica je nagrađena: Pohvalom Predsjednika Republike (1991.), Nagradom grada Šibenika (2017.), Nagradom šibensko-kninske županije (2003.) i Poveljom Republike Hrvatske (2017.)
