Za vrijeme drugog svjetskog rata Šibenik je nekoliko puta mijenjao uprave, odnosno okupatorske vlasti. Nakon bombardiranja talijanskih aviona koje je počelo već u jutro 6. travnja 1941. i višednevnog bombardiranja brodova usidrenih u luci, po osnivanju NDH 10. travnja 1941. ustaše su, unatoč protivljenju narodnih zastupnika, krenule preuzimati vlast. Četiri dana kasnije u grad ulaze prve talijanske divizije, a 15. travnja 1941. je Šibenik okupiran. Potpisivanjem Rimskih ugovora 18. svibnja 1941. Šibenik je i službeno anektiran od strane Kraljevine Italije te ulazi u sastav Guvernatorata Dalmacije.
Italija je kapitulirala 8. rujna 1943., a već sljedeći dan u Šibenik ulazi jedan od bataljuna Šibensko-trogirskog odreda koji s Talijanima vode pregovore o predaje oružja i organiziranju zajedničke obrane grada od Nijemaca. Talijanska komanda u Šibeniku odugovlačila je pregovore, jer se svakog trena očekivao dolazak Nijemaca. Čim su pripadnici 114. lovačke divizije ušli u grad 11. rujna, talijanska komanda predala im je garnizon bez otpora. Dolaskom Nijemaca Šibenik je administrativno priključen NDH i proglašen sjedištem župe Bribir no to se nikad nije ostvarilo nit je veliki župan ikad preselio u Šibenik. Od njemačke okupacije do početka 1944. sa šibenskog područja u partizane je otišlo još 8.700 osoba.
Bitka za oslobođenje Šibenika počela je u noći sa 1. na 2. studenog. Dijelovi 19. divizije na desnoj obali rijeke Krke otvorili su žestoku vatru na njemačke položaje na sjeverozapadnim prilazima gradu. Za to vrijeme jedinice I. dalmatinske i III. prekomorske brigade, po prvi put potpomognute s 35 Stuarta i 12 Blindija Prve tenkovske brigade NOVJ te artiljerijom, probile su prve neprijateljske linije kod Vrpolja na cesti Split-Šibenik i odmah krenule naprijed goneći neprijateljske trupe, koje se povlače prema gradu. Međutim, njemačke snage ukopane na dominantnoj uzvisini Sv. Juraj, uz samu cestu, pružile su jedinicama NOV žestoki otpor i zaustavile njihov prodor prema gradu. Tada je bila dovedena artiljerija 26. divizije, koja je dugo zasipala njemačke rovove na Sv. Jurju. Nakon toga jedinice I. dalmatinske prešle su u novi siloviti napad i u ogorčenoj borbi prsa o prsa uspjele izbaciti Nijemce s te uzvisine. Pritisnute sa svih strana, njemačke trupe napuštaju grad, a prethodno su sustavno uništile čitavu obalu, lučka postrojenja i potopili brodove u luci. Bataljoni I. dalmatinske, III. prekomorske i dijelovi 19. sjeverodalmatinske divizije ušli su u Šibenik u zoru 3. studenoga 1944. dok se neprijatelj još nalazio u tvrđavi Šubićevac (danas Barone). Već oko 9 sati počeo je mimohod. Partizani svečano ulaze sa sjeverne strane u grad.
Nema ukupnih podataka svih brigada koje su sudjelovale u Operaciji Šibenik o žrtvama oslobodioca, no ima za 1. proletersku u kojoj je bilo 70 ranjenih i 14 poginulih partizana.
Na području Općine Šibenik je prije rata živjelo nešto više od 37.000 stanovnika, ali je tijekom 1944. taj broj pao na oko 16.000, a u samom gradu je ostalo samo 6.000 stanovnika. Ukupno 4.572 osobe su poginule u partizanima, kao žrtve fašističkog terora ili žrtve rata. Među borcima iz Šibenika narodnim herojima su proglašeni: Slobodan Macura Bondo, Vladimir Peran, Miro Višić, Mate Staničić, Dinko Šurkalo, Nikola Sekulić Bunko i Ljubo Truta.
