Među brojnim dokumentima koje čuva arhiv i knjižnica Samostana svetog Frane u Šibeniku je i jedan s današnjim datumom, ali od prije 698 godina. Riječ je o darovnici iz 1320. godine, kojom Budislav, knez krbavski i gradonačelnik šibenski, zajedno s velikim vijećem daruju fra Fabijanu, tadašnjem provincijalu ‘Provincije Sclavoniae’, zemljište unutar zidina, kao odštetu za porušenu crkvu i samostan izvan zidina. Na tom su zemljištu izgrađeni franjevački samostan i crkva sv. Frane.
Inače, postoji predaja, koju je zabilježio fra Bernardin Polonijo u knjizi ‘Kroz Šibenik grad i okolicu’, prema kojoj je šibenski Samostan sv. Frane osnovan 1221. godine. Tradicija govori da je ovaj samostan utemeljio blaženi Florije, pratitelj sv. Franje na misijskom putovanju na istok pri povratku odande između 1219 i 1220. godine. Povijesni dokumenti ipak ne spominju fra Florija, nego navode fra Leonarda iz Asiza kao pratitelja sv. Franje na putu brodom iz Ankone, kad je putovanje završeno na našim obalama, jer je zbog nepovoljna vremena sveti Franjo morao odustati i vratiti se doma.
Prvi pouzdani podaci o maloj braći u Šibeniku nalaze se u oporuci nekoga Dujma Domihe od 13. ožujka 1264., koji oporučno ostavlja deset libara ‘fratribus minoribus de Sybenico’ ili maloj braći iz Šibenika. Franjevci su se najprije nastanili izvan gradskih zidina na grebenima iznad mora. Taj prvotni samostan u Šibeniku srušen je u veljači 1319. zbog navale bana Mladena Šubića. Kad je prošla opasnost, šibensko plemićko vijeće darovalo je maloj braći 23. ožujka 1320. drugo mjesto za crkvu i samostan, ovaj put unutar gradskih zidina. Na tome se mjestu i danas nalaze samostan i crkva sv. Frane u Šibeniku. Potanje vijesti o tomu zapisane su upravo u darovnici koja nosi današnji datum prije 698 godina i čuva se u Samostanu sv. Frane.
Godinu dana kasnije papa Ivan XXII. u Avignonu 20. prosinca 1321. dopušta šibenskoj maloj braći da prime od građana i vlasti zemljište za izgradnju novog samostana i crkve. Tih godina u gradu je podignut skroman samostan i crkvica sv. Mihaela arhanđela, koja je potkraj 14. stoljeća zamijenjena novom crkvom, ovaj put posvećenom sv. Franji Asiškom.
