Šibenski muzej utemeljen je na današnji dan, 20. prosinca 1925. godine prigodom obilježavanja tisućite obljetnice hrvatskog kraljevstva i prvotno je bio u crkvici Svih Svetih, a danas je u bivšoj Kneževoj palači u neposrednoj blizini Katedrale.
Kneževa palača dio je obalnog obrambenog sustava grada a izgrađena je u 13.- 14. stoljeću. Do danas su sačuvana dva krila nekoć mnogo većeg zdanja u kojem je boravio najviši predstavnik državne vlasti u Šibeniku – gradski knez – kapetan. Godine 1975. dovršena je adaptacija Kneževe palače te omogućeno suvremeno funkcioniranje muzeja.
Muzej grada Šibenika je muzej kompleksnog tipa, a sastoji se od arheološkog , kulturno- povijesnog, odjela novije povijesti i etnografskog odjela. Unutar Muzeja djeluje i restauratorska, te konzervatorska radionica. Njegova djelatnost je prikupljanje, čuvanje, obrada i prezentacija kulturno- povijesne baštine šibenskog kraja.
U svojim zbirkama čuva brojne predmete muzejske vrijednosti značajne za proučavanje šibenske prošlosti od najstarijih vremena do današnjih dana.
Cjelokupan fundus Muzeja podijeljen je u zbirke: arheološki odjel ( prapovijest, antika, srednji vijek i podmorska), kulturno- povijesni odjel i odjel novije povijesti (lapida, starih majstora, starih grafika, oružja, starih fotografija, razglednica, arhivalija, galerijsku, zbirku raritetnih izdanja, arhivalija, kartografsku, numizmatičku, nakita, namještaja, keramike, predmeta svakodnevne upotrebe, liturgijskih predmeta, glazbenih instrumenata ). Ukupan broj muzealija je oko 150.000.
Najznačajnije rezultate Muzej je postigao u istraživačkoj, izložbenoj i izdavačkoj djelatnosti. Istraženi su brojni arheološki lokaliteti u okolici Šibenika i šibenskom akvatoriju te organizirano preko 300 izložbi koje su pratili izložbeni katalozi. Pored toga u organizaciji Muzeja izdane su brojne edicije izuzetno vrijedne za rasvijetljavanje prošlosti Krešimirovog grada, najstarijeg hrvatskog grada na Jadranu.
Inače, Južno krilo Kneževe palače proteže se uz obalu od četverokutne do poligonalne kule. Četverokutna kula poznata po nazivom Kula kneževe palače najveći je obrambeni objekt na obali a potječe iz 14. stoljeća. Između nje i Biskupske palače sačuvana su renesansna gradska vrata iz 16. stoljeća. Po sredini prizemlja južnog krila Kneževe palače gotički je prolaz s gradskim vratima nad kojima je gradski grb s likom sv. Mihovila – zaštitnika grada.
Zapadno krilo Kneževe palače okrenuto je sakristiji i apsidalnim djelovima Katedrale. Na južnom kraju ovog dijela dvoja su vrata jednostavnih kamenih okvira, a između njih niša s baroknom skulpturom gradskog kneza Nikole Marcella.
